Начиная с Train of Thought группа вставляет небольшие
скрытые элементы в свою музыку как пищу для размышлений,предназначеной для своих наиболее преданных фанатов. Наиболее известный скрытый элемент, который также называется
«nugget», находится в песне «In the Name of God».
В этой песне (а именно, с
5:50 по 6:07) скрыта знаменитая фраза Майка Портного «Eat my ass and balls», которая записана с помощью азбуки Морзе. С тех пор фанаты Dream Theater упорно ищут эти
маленькие особенности, которые обычно не пользуются особым интересом у людей,
не очень сильно интересующихся творчеством группы.